Tras los eventos en la isla de Shang Tsung, Johnny Cage forma un equipo conformado por Cassie, Jacqui, Takeda y Kung Jin, primo del difunto Kung Lao. Este es enviado al Mundo Exterior para ayudar a Kotal Kahn en la guerra civil del Mundo Exterior. Si bien Mileena ya no cuenta con el apoyo de los Shokan y el Dragón Rojo, posee el amuleto que contiene a Shinnok. Este había quedado en cuidado de la Tierra después del enfrentamiento contra Havik.
El equipo de Cassie no solo recupera el amuleto, sino que ayuda a capturar a Mileena, que es ejecutada por D’Vorah. No obstante, tras clamar que a la Tierra no se le puede confiar el amuleto, Kotal decide aprisionar a Cassie, Jacqui, Takeda y Kung Jin. Para desgracia del emperador del Mundo Exterior, resulta que D’Vorah es una agente al servicio de Quan Chi.
Después de escapar de prisión y enterarse de la traición de D’Vorah, Cassie y su equipo informan que Quan Chi va a hacerse con el amuleto. Para evitar que esto ocurra, Jax y Kenshi capturan al hechicero y lo retienen en la Tierra. Por desgracia, las Fuerzas Especiales no previeron la intervención de Hanzo Hasashi y los Shirai Ryu. Decidido a acabar con el arquitecto de su sufrimiento, Scorpion decapita a Quan Chi. Sin embargo, la llegada de D’vorah y el amuleto permite que este libere a Shinnok antes de morir.
Para evitar el escenario de hace varios años, Shinnok captura a Johnny y lo aprisiona. Cuando finalmente llegan Cassie y los demás, solo encuentran a los guerreros maltrechos tras el enfrentamiento contra Shinnok. Al ser los únicos en condiciones para salvar a la Tierra, el equipo de Cassie se prepara para el rescate. Al mismo tiempo, Shinnok y sus retornados asedian el Templo del Cielo y someten a Raiden. Sin nadie que lo detenga, el dios caído corrompe el Jinsei —la fuerza vital de la Tierra— y se convierte en un poderoso demonio.
Con la ayuda de Sub-Zero y los Lin Kuei, el equipo de héroes logra llegar hasta la cima del templo. Mientras que Takeda y Jacqui hacen frente a los retornados, Cassie y Kung Jin van directamente hacia donde se encuentra D’Vorah y Shinnok. Tras derrotar a la guerrera Kytinn, Cassie es la única que queda para derrotar al Dios Antiguo. Por fortuna, al igual que su padre, logra despertar el poder de sus ancestros para derrotar a Shinnok.
Sin embargo, aún queda un problema: el Jinsei ha sido corrompido. En un intento de purificarlo, Raiden solicita a Cassie que lo ponga en dentro del Jinsei. Si bien el dios del trueno logra su objetivo, este es corrompido. Con su deseo de proteger a la Tierra llevado al extremo, Raiden decapita a Shinnok y lleva su cabeza a Liu Kang y Kitana —los nuevos emperadores del Inframundo— como advertencia de lo que pasará a aquellos que amenacen a la Tierra.
